تعد مرحلة مراقبة الجودة والنوعية التي يتم تنفيذها بالتزامن مع مرحلة جمع البيانات إحدى أهم مراحل الأعمال التنفيذية لمسح العمرة حيث يتم تطبيق برنامج آلي متكامل يشتمل على قواعد تحقق تهدف إلى ضبط عملية إدخال البيانات وقواعد أخرى لاكتشاف الأخطاء والملاحظات على الاستمارة والعمل على حلها تحت إشراف المشرف بعد الرجوع إلى الأسرة إذا تطلب الأمر ذلك.
علاوة على ذلك فإن مرحلة مراقبة الجودة والنوعية تتضمن متابعة الإدارة المشرفة على المسح من خلال غرفة العمليات على تقارير الإنتاج اليومي الواردة من جميع مناطق الإشراف ودراستها وإعداد تقارير دورية عن سير العمل بالميدان ورفعه إلى المسؤولين في الهيئة العامة للإحصاء. 
كما تتضمن هذه المرحلة زيارات ميدانية للمشرف على مسح العمرة بالإضافة إلى مدراء الإدارات ذات العلاقة والعدد من المختصين للوقوف ميدانيا على عملية جمع البيانات وإدخالها وتدقيقها ومتابعة مدى تطبيق التعليمات للحصول على نتائج بأعلى قدر من الدقة.