يستند المسح في تنفيذه على منهجية واضحة تتضمن استمارة المسح وهي مخصصة لجمع البيانات وتشتمل على:

• بيانات جغرافية (متوفرة من إطار المسح).
• بيانات اقتصادية مطلوبة استيفائها من المنشأة الواقعة في عينة المسح.

البيانات الجغرافية هي عبارة عن بيانات مكانية لتحديد موقع المنشأة بدقة، أما البيانات الاقتصادية فهي البيانات المطلوب توفيرها من المنشأة مثل وصف دقيق لنشاط المنشأة ثم بيانات عن المشتغلين وتعويضاتهم، وكذلك تحتوي الاستمارة على بيانات عن النفقات والإيرادات والتكوينات الرأس مالية.
وتنفذ عملية جمع بيانات المسح بأسلوب المقابلة الشخصية بواسطة باحثين مؤهلين مدربين تحت الإشراف المباشر من موظفي الهيئة.
وقد تم الاعتماد على بيانات تعداد المنشآت 1432 هـ كإطار لاختيار عينة المسح الاقتصادي كونه يتضمن جميع البيانات الأساسية اللازمة لسحب العينة، مثل اسم المؤسسة وعنوانها والنشاط الاقتصادي الذي تزاوله بالإضافة إلى عدد المشتغلين، فالمسح يغطي على مستوى التوزيع الجغرافي جميع المناطق الإدارية للمملكة على حد سواء بإعطاء أهمية أكبر للمدن باعتبار أنها تضم حوالي 84 % من إجمالي المنشآت بالمملكة وتشغّل ما يقارب 91 % من إجمالي المشتغلين في المملكة.